當兩個或更多的當前信念相互矛盾或不和諧時，信念系統就發生了衝突。例如，某人可能有這個信念：“關注自己的體重，看起來漂亮是很重要的。”但同時，他也相信：“我應該接受本來的自我。”這種情境通常出現“雙重限制”（做也不對，不做也不對）。當對立的信念包含了對自己負面判斷的自我認同問題時，最疑難的信念衝突就出現了。例如，“對你來說，希望變得漂亮是自負的、自私的。”已經“如果你不盡做到最好，你就很懶，不配得到。”這種衝突幾乎總是來自問題的根源。這些問題包括對自己不信任、憎恨、恐懼等。
NLP開發了很多方法和技巧來解決多種類型的衝突。下列格式運用了很多NLP的衝突解決原理來和諧整合衝突信念。
整合衝突信念
1.找出你正在與之鬥爭的衝突信念或自我認同問題。
- 進入時間線上的將來位置，它呈現了產生衝突的期望狀態。完全體驗所有的變化，特別聚焦於作為一個人的你會變成什麼樣子。（例如：“一個有魅力的成功人士。）
- 現在思考這個問題：“什麼阻止了你或者讓你遲疑？”注意你在何處時感覺到體內的抵抗或幹擾。找出這個地方，步入時間線上的位置，它最能體現衝突信念或自我認同在何處形成。[普通的衝突包括邏輯與情感，理性與直覺，孩童的信念與成人的信念，過去與將來等等。（例如，“希望自己有魅力和成功是非常危險的、不謙虛的”。）]
- 測度衝突中每個自我認同的生理機能（特別注意動作和手勢的不對稱）。（比如，右手＝希望有魅力和成功，左手＝對魅力和成功的恐懼和審判。）
2. 在時間線外或者與信念和自我認同相脫離的位置建立一個“轉換位置”。
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3. 進入每個位置並讓每個部分表達對另一部分的信念。在這個階段，不同的部分（自我認同）會相互討厭和不信任對方。
（例如，相信魅力和成功是合理的部分認為恐懼和審判部分是“軟弱的、有偏見的”。相信成功和魅力是危險的、不謙虛的部分則認為另一部分是“自大的、自負的。”）
- 讓未來部分轉過來面對著過去部分並注意其感知是怎樣轉換的。（例如，它把恐懼和審判部分看作是“青春期的“，需要引導。）
- 找出每個部分的正向意圖和目的。確定每個部分都認可和接受其他部分的正向意圖。
（例如，相信魅力和成功是合理的部分的正向意圖是“享受人生的所有機遇。” 相信成功和魅力是危險的、不謙虛的部分的正向意圖是“以適合的、生態的方式來生活。”
4. 從“轉換位置”找出精神層次上、兩個部分都確實擁有共同的使命。（例如，“以平衡的方式實現我的目的和命運。）
5. 找出每個部分中，有助於另一部分完成正向意圖和共同使命的資源和能力。
（例如，意圖是“享受生活所有機遇”的部分有信念和願景。意圖是“以適合的、生態的方式來生活”的部分有能力去思考其他人的角度和期望結果。）
- 獲得一個各部分都一致的意見，並結合它們的資源。於是，它們就能更完全的完成自己的目的和共同使命。通常來說，它們先前相互討厭和不信任的原因是另一方不具有這些資源，所以看起來不相關，不受控制。
- 警惕這個階段出現的其他限制性信念，它們先前沒有出現但即將需要改善和更新。例如，“我不可能在負有責任的同時過的快樂。”
6. 再次進入代表期望未來認同的位置。固定同那個部分相結合的狀態（正向意圖，共同的使命感，資源以及能力），建立心錨。
- 保持這個心錨，走出時間線重新回到過去自我認同的後面那個位置。
- 讓將來自我重新進入時間線並讓它擔任過去自我的指導者，為任何所需資源提供支援。
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- 進入過去自我認同的位置，體驗將來自我的支援和資源。
- 聚焦於過去自我認同的特有資源以及由將來自我資源帶來的轉變。讓探索者在時間線上面緩慢行走，帶著所有資源進入將來自我位置——這樣每個部分都有了其他部分的資源。(測度伴隨著各自自我認同的兩個生理機能的整合/對稱。)
- 7.在時間線的對面建立一個新的“轉換位置”，它到每個自我認同的距離必須相等。觀察兩個部分移向對方，其速度要和你在時間線上行走的速度相同。在兩個部分相遇的位置，伸出你的雙手帶出你內部的兩個自我認同。結合時間線，把三個感知位置整合成為一個自我認同。面對未來走向代表期望狀態的位置。
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